מבשלים את הדלעת ואת תפוח האדמה עד שהם רכים מאוד. בהכנה של ניוקי אנחנו מעוניינים בכמה שפחות נוזלים שיגיעו מהתפוחי אדמה והדלעת (שנוזלית יותר מטבעה), לכן אני ממליצה את הדלעת לאפות בתנור – מחממים תנור ל-180 מעלות, קולפים את הדלעת, מנקים מגרעינים, חותכים לקוביות גדולות ומניחים בשכבה אחת על גבי תבנית מרופדת בנייר אפייה. אופים כחצי שעה, עד שהדלעת רכה מאוד. את תפוח האדמה מבשלים במים רותחים, עם הקליפה, עד שהוא רך מאוד, בין 20-30 דקות, תלוי בגודל תפו"א. מסננים היטב ומקלפים.
מועכים את הדלעת האפויה ואת תפוח האדמה לפירה חלק – אפשר בעזרת מועך תפו"א או מולין, חשוב שהפירה דלעת ותפו"א יהיה חלק וללא גושים. מעבירים לקערה גדולה, מוסיפים אגוז מוסקט, מלח, פלפל שחור ו-½1 כוסות קמח, ומערבבים את התערובת עד שכל הקמח נטמע.
ממשיכים להוסיף קמח לתערובת בהדרגה, כל פעם בין 1-2 כפות קמח, ומערבבים את הקמח לתערובת הניוקי בעדינות ובידיים נקיות. כמות הקמח שמוסיפים אינה מדויקת ויכולה גם לעבור את 2 הכוסות במתכון - מוסיפים קמח רק עד שמתחיל להיווצר בצק שניתן לעבוד איתו ולא יותר, אחרת הניוקי יצאו דחוסים וכבדים מאוד. הבצק יוצא דביק מעט וזה בסדר.
מעבירים את תערובת הניוקי למשטח מקומח מאוד. חותכים חתיכה מבצק הניוקי, ויוצרים בידיים חתיכת נחש ארוך. בעזרת סכין חותכים לניוקי באורך של 1-2 ס"מ. את הניוקי המוכנים שומרים בצד, כדאי על תבנית מרופדת בנייר אפיה ובשכבה אחת, שלא יידבקו. חוזרים על הפעולה עבור כל בצק הניוקי.
מכינים סיר רחב עם מים רותחים וכפית מלח. במקביל מתחילים בהכנת הרוטב על מנת שהניוקי יעברו לרוטב החמאה מיד עם סיום הבישול.
במחבת רחבה מניחים את החמאה והמרווה. ממיסים את החמאה על אש בינונית ומוסיפים לערבב עד שהחמאה מתחילה לשנות את צבעה לחום. במקביל מכינים את הניוקי.
מניחים את הניוקי במים רותחים ומבשלים עד שהניוקי צפים למעלה, בערך 2 דקות. חשוב לא לצופף מידי את הניוקי בזמן הבישול שלהם במים, ולכן אם הסיר לא רחב מספיק – עושים 2 נגלות. בעזרת מסננת מחוררת מעבירים את הניוקי המוכן לרוטב החמאה המבעבע, אין צורך להקפיד על סינון טוב של מי הבישול, אפילו רצוי שמעט ממי הבישול יעברו לרוטב החמאה. מקפיצים את הניוקי ברוטב החמאה כ-2 דקות. מעבירים לצלחת ומגישים מיד, אפשר עם פרמזן או שמרי בירה מעל.